Genotypic analysis of Helicobacter pylori by Multiple-Locus Variable-Number Tandem-Repeats method in southern Brazil

Abstract

Justificativa e Objetivos: Apesar de ser utilizado como um método de genotipagem para diferentes microrganismos, poucos estudos relatam a utilização de Multiple-Locus Variable Number of Tandem Repeats Analysis (MLVA) para análise da diversidade clonal do Helicobacter pylori. O objetivo deste estudo foi determinar a variabilidade genética de cepas de H. pylori pelo MLVA no sul do Brasil. Métodos: 95 amostras de DNA de H. pylori foram obtidas a partir de biópsias gástricas de pacientes H. pylori-positivos provenientes de duas cidades do sul do Brasil e a diversidade genética das cepas foi avaliada pelo método MLVA utilizando eletroforese em gel de agarose. Para a seleção dos loci a serem analisados neste estudo, foi realizada uma análise in silico de 12 loci previamente descritos na literatura. Resultados: A partir da análise in silico, apenas quatro loci foram considerados viáveis para a análise genotípica das cepas, resultando em 90 cepas distribuídas em oito grupos diferentes e cinco cepas órfãs. Conclusões: Apesar de o método MLVA permitir fazer inferências acerca da diversidade genética de uma população, nossos resultados mostraram que os métodos de genotipagem do H. pylori devem ser criticamente avaliados antes de serem utilizados nessa região do Brasil.

Background and Objectives: Despite its use as a genotyping method for different microorganisms, few studies have reported the use of Multiple-Locus Variable Number of Tandem Repeats Analysis (MLVA) for the analysis of the clonal diversity of Helicobacter pylori. The aim of this study was to determine the genetic variability of H. pylori strains by MLVA in southern Brazil. Methods: 95 H. pylori DNA samples were obtained from the gastric biopsies of H. pylori-positive patients from two cities in southern Brazil and their clonal analysis was evaluated by MLVA method using electrophoresis in agarose gel. For selection of loci to be analyzed in this study, an in silico analysis of 12 loci previously described in the literature was performed. Results: From the in silico analysis, only four loci were viable for the genotypic analysis of these H. pylori strains, resulting in 90 strains distributed in eight different groups and five orphan strains. Conclusion: Despite MLVA method allow make inferences about the genotypic diversity of a population, our results showed that H. pylori genotyping methods should be critically evaluated prior to their use in this region of Brazil.