Cat-p-Data : uma ferramenta para a manipulação de dados proteicos

Abstract

Bancos de dados públicos como o PDB (Protein Data Bank), NCBI protein e ZINC possuem uma enorme quantidade de dados armazenados. Com esta grande quantidade de dados, fica evidente que o uso de ferramentas que realizam a aquisiçãoo e análise desse conjunto de dados é uma necessidade. Além disso, relacionar dados estruturais de proteínas com dados sequenciais de proteínas e relacionar experimentos de docagem molecular e triagem virtual ainda é um desafio. Dessa forma, é apresentado neste trabalho a ferramenta Cat-p-Data(do inglês Custom Analysis tool for protein data). A ferramenta Cat-p-Data integra em um mesmo ambiente diversas funcionalidades para facilitar a pesquisa de dados proteicos. No final deste trabalho, um estudo de caso com o grupo de proteínas da beta-glicosidase é realizado para validar a ferramenta.

Public databases such as PDB (Protein Data Bank), NCBI protein and ZINC have an enormous amount of stored data. With this large amount of data, it is evident that the use of tools that perform the acquisition and analysis of this data set is a necessity. In addition, relate structural proteins data with sequence proteins data and relate experiments of molecular docking and virtual screening is still a challenge. Thus, it is presented in this paper the Cat-p-Data (Custom Analysis Tool for Protein Data) tool. The tool Cat-p-Data integrates in the same environment several features to facilitate the research of protein data. At the end of this work, a case study with the protein group of beta-glucosidase is performed to validate the tool.