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Federal do Rio Grande
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IO - Programas de Pós-Graduação em Aquicultura

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    Efeito da temperatura e suas implicações no sistema antioxidante e parâmetros imunológicos de camarões peneídeos
    (2014) Souza, Diego Moreira de; Garcia, Luciano de Oliveira
    A espécie exótica Litopenaeus vannamei é a mais cultivada mundialmente, enquanto que espécies de camarões nativos como o Farfantepenaeus brasiliensis já demonstraram potencial de cultivo. Fatores ambientais, como a temperatura, podem influenciar diretamente o cultivo de camarões. A temperatura da água é um dos mais importantes fatores a serem considerados na aquicultura. Mudanças na temperatura da água podem promover alterações no consumo de oxigênio e disponibilização aos tecidos, alterar a solubilidade de gases na água e alterar de forma geral o metabolismo dos organismos. No Sul do Brasil há uma ampla variação térmica ao longo do ano por isso a temperatura é um fator limitante na região. Portanto essa tese teve como objetivo avaliar o efeito da temperatura em parâmetros fisiológicos e imunológicos tanto da espécie exótica Litopenaeus vannamei quanto do camarão nativo F. brasiliensis. Foram realizados experimentos a curto e longo prazo expondo camarões da espécie L. vannamei a diferentes temperaturas e aos sistemas de cultivo em bioflocos e água clara para análise do sistema antioxidante e parâmetros imunológicos. Nesses experimentos com a espécie L. vannamei, os animais dos tratamentos com as temperaturas mais baixas e 21oC apresentaram maior atividade das enzimas antioxidantes. Essa maior atividade das enzimas é uma tentativa de neutralizar as espécies reativas de oxigênio, porém uma grande energia é necessária devido à condição de estresse, portanto menor crescimento e sobrevivência foram verificados, pois em muitos casos os animais não suportaram a condição térmica a que foram expostos. Foi realizado um experimento de simulação de transporte com o camarão-rosa Farfatepenaeus brasiliensis em diferentes temperaturas para avaliar a influencia da temperatura no sistema antioxidante durante o transporte. Os resultados apontaram que a melhor temperatura foi a de 19.3oC, pois com a temperatura reduzida, aumenta a solubilidade de oxigênio e reduz o metabolismo dos animais o que pode resultar em uma menor produção de espécies reativas de oxigênio. Nessa condição os animais apresentaram uma melhor atividade de enzimas antioxidantes demonstrando um melhor estado fisiológico para suportar o transporte. Portanto a temperatura recomendada para o transporte de F. brasiliensis foi de 19.3oC enquanto que com relação à espécie L. vannamei recomenda-se o cultivo no sistema de bioflocos na temperatura de 27oC nos quais os animais apresentaram melhor estado fisiológico.
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    Caracterização da comunidade bacteriana em sistemas de produção de tilápias (Oreochromis niloticus) pela técnica de Hibridização In Situ Fluorescente (Fluorescent In Situ Hybridization – FISH)
    (2013) Teixeira, Alessandro Del'Duca; Abreu, Paulo César; César, Dionéia Evangelista
    Para aumentar o crescimento da aquacultura, é urgente otimizar os sistemas de produção, tornando-os cada vez mais eficientes e ambientalmente amigáveis. As bactérias presentes nos sistemas aquícolas são de grande importância para seu melhor funcionamento e sanidade. Assim, entender a interação da microbiota com os animais produzidos é importante para se estabelecer estratégias de controle de doenças e de manejo da qualidade da água. Para isso, quantificar e identificar de forma rápida e precisa a comunidade bacteriana é essencial para melhorar as condições de produção. Nesta Tese, foi utilizada uma técnica de biologia molecular, a Hibridização In Situ Fluorescente (Fluorescent In Situ Hybridization – FISH), para identificar e quantificar bactérias com o intuito de (1) identificar a similaridade da comunidade bacteriana do trato intestinal de tilápias (Oreochromis niloticus) com o ambiente de produção (água e sedimento); (2) verificar a eficiência de colonização e ação de uma bactéria potencialmente probiótica, previamente isolada do próprio sistema de produção e (3) avaliar variações de grupos de bactérias nitrificantes na água e no biofilme em um sistema de recirculação de água (RAS) para produção de tilápias. No capítulo 1, observamos que a composição da comunidade bacteriana do trato gastro-intestinal das tilápias foi mais similar à comunidade da água, em comparação a microbiota do sedimento do viveiro. No capítulo 2, Bacillus sp., que tem grande potencial probiótico e foi isolado do próprio sistema de produção, apresentou grande abundância no intestino das tilápias, após ser oferecida juntamente com a ração. Isso indicou boa incorporação deste isolado a microbiota do trato intestinal destes peixes. Verificou-se também que Bacillus sp. foi capaz de controlar duas espécies de bactérias patogênicas, que apresentaram menores abundâncias na presença deste micro-organismo probiótico. No capítulo 3, observou-se que o processo de nitrificação no RAS está relacionado, principalmente, às bactérias nitrificantes presentes no biofilme, mas não na água. De forma geral, a técnica FISH foi eficaz para monitorar as mudanças qualitativas e quantitativas das comunidades bacterianas em todos os trabalhos desenvolvidos. Assim, podemos dizer que está técnica mostrou grande potencial para futuros estudos da ecologia de micro-organismos em sistemas de aquacultura.
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    Efeitos da suplementação alimentar com n-3 HUFA na reprodução, larvicultura e desenvolvimento imunológico do barber goby, Elacatinus figaro
    (2012) Shei, Marcelo Roberto Pereira; Sampaio, Luís André Nassr de; Romano, Luis Alberto
    O presente trabalho analisou o efeito da suplementação alimentar com ácidos graxos n-3 HUFA sobre a performance reprodutiva e larvicultura do barber goby Elacatinus figaro, incluindo também a descrição da ontogenia do sistema imune. Durante quatro meses, dois grupos de reprodutores foram alimentados com ração comercial para peixes marinhos e biomassa de Artemia enriquecida e não enriquecida com n-3 HUFA. Reprodutores alimentados com ambas dietas foram capazes de desovar continuamente, não demonstrando diferenças significativas para freqüência reprodutiva (12,6 ± 0,7 e 12,0 ± 1,2 dias) e o volume dos ovos (0,49 ±0,01 e 0,48 ±0,01 mm3 ). A fecundidade foi maior no tratamento sem a suplementação de n-3 HUFA (329 ± 36 e 517 ± 50 ovos / desova). Um segundo estudo avaliou o efeito da suplementação da dieta com n-3 HUFA na sobrevivência e crescimento de larvas. Para isso, larvas recém eclodidas foram divididas em dois grupos experimentais, onde um grupo foi alimentado com rotíferos Brachionus plicatilis não enriquecidos e o outro grupo com rotíferos enriquecidos com n-3 HUFA. Aos sete dias após a eclosão (dah), o crescimento foi maior no grupo alimentado com rotíferos enriquecidos, mas aos 14 dah não houve mais diferenças significativas entre os grupos (6.09 ± 0.62 and 5.69 ± 0.66 mm). Nesse momento, apesar de não haver diferenças significativas, a sobrevivência das larvas alimentadas com rotíferos enriquecidos com n-3 HUFA foi três vezes maior (35,7 ± 3,1%) do que o grupo que recebeu rotíferos não enriquecidos (11,1 ± 5,2 %). Para a descrição do crescimento dos orgãos linfóides, amostras foram coletadas periodicamente entre 0 e 94 dah. A descrição se deu através de análises morfométricas do timo e rim e avaliação da expressão fenotípica (% / mm2 ) de CD3 e CD4 nesses orgãos. No momento da eclosão foi possível observar a presença dos rins (0.31 ± 0,01 mm) e do timo (0.03 ± 0.03 mm), alcançando respectivamente 1.23 ± 0,15 mm e 90 ± 1.41 mm aos 94 DAH. Quanto ao CD3, a primeira expressão fenotípica foi constatada no timo no momento da eclosão (71,25 ± 8,42 % / mm2 ) e no rim a partir dos 6 DAH (0,02 ± 0 % / mm2 ), aos 94 DAH as expressões alcançaram 90 ± 1,41 e 53,67 ± 1,53 % / mm2 no timo e rim respectivamente. O CD4 foi expresso inicialmente no timo aos 3 DAH (1,33 ± 1,15 % / mm2 ) e no rim aos 12 DAH (5,33 ± 1,53 % / mm2 ), alcançando respectivamente 22,00 ± 1,41 e 44,00 ± 2,00 % / mm2 aos 94 DAH.
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    Efeito da temperatura, densidade de estocagem e sólidos suspensos totais no consumo do oxigênio do camarão branco Litopenaeus vannamei (Boone, 1931) em sistema de bioflocos
    (2021) Costa, Marilia Fernandes; Wasielesky Jr., Wilson; Rosas, Victor Torres
    A criação de novos sistemas de cultivo para camarões como a tecnologia de bioflocos (BFT) tem permitido incrementar as densidades de cultivo, e junto com esse incremento tem aumentado o requerimento de oxigênio dissolvido (OD). Já que esses sistemas dependem de tecnologias como sopradores e bombas hidráulicas, que tem o potencial risco de falha que pode levar a uma queda do OD. O objetivo do trabalho é gerar um protocolo de segurança para OD em cultivos do camarão L. vannamei em sistemas BFT após a ocorrência de uma quebra no suprimento de aeração, em diferentes condições ambientais de cultivo. O delineamento experimental consistiu em 2 fases. A primeira com 5 temperaturas (22, 24, 26, 28, 30°C) para verificar o tempo para atingir a hipóxia com diferentes densidades de camarões (150, 300, 450 e 600 cam/m3) e de sólidos suspensos totais (0, 100, 500 e 1000 mg/L), com três repetições. Na segunda fase foi testada a reoxigenação em 28°C. Os Juvenis de camarão tinham peso individual de ≈12g. Foi determinando o tempo necessário para a chegada ao ponto crítico (OD ≤ 0,6 mg/L) e para o ponto de alarme (OD ≤ 2,0 mg/L). Os resultados mostraram que tanto a densidade do camarão, os SST e a temperatura têm efeitos significativos no consumo do oxigênio. Nas análises de peroxidação lipídica (TBARS) mostraram que após a hipóxia o músculo tem uma recuperação em 72h, já no hepatopâncreas em 72h o dano se manteve. Os resultados evidenciaram que em um cultivo em sistema BFT atualmente utilizado por produtores com densidades variando entre 300-450 cam/m3, em temperaturas de 30 a 28°C e com os SST em 500 mg/L, o OD pode diminuir drasticamente após a quebra no fornecimento de aeração causando grandes mortalidades, entre 60 minutos e 100 minutos.
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    Análise de diferentes protocolos para multiplicação de probiótico comercial em sistemas aquícolas
    (2021) Hoffling, Flávia Banderó; Krummenauer, Dariano; Abreu, Paulo Cesar
    O uso de probióticos comerciais em cultivos aquícolas como alternativa aos antibióticos, tem demonstrado viabilidade e resultados positivos. Os probióticos podem ser definidos como organismos vivos não patogênicos, utilizados com o objetivo de melhorar a saúde do hospedeiro, como bactérias e leveduras que são capazes de colonizar o trato gastrointestinal dos animais cultivados, bem como atuar no ambiente de cultivo contra o desenvolvimento de patógenos. Algumas estratégias empíricas são utilizadas nas fazendas de Carcinicultura como tentativa de multiplicar as bactérias de probióticos comerciais de maneira artesanal, visando a diminuição dos custos com a compra do produto comercial. A hipótese de que probióticos comercias podem ser multiplicados foi testada nesta Dissertação. O presente estudo foi realizado na Estação Marinha de Aquacultura, IO - FURG e contou com três experimentos, realizando a execução de protocolos caseiros de multiplicação de um probiótico comercial utilizados em fazendas no Brasil, Peru e Equador. Cada experimento teve a duração de 24h. Parâmetros de qualidade de água foram monitorados e coletas de água foram realizadas no tempo 00h e 24h para quantificação de bactérias e protozoários. Experimento I: 25g de probiótico Pro-W, 25g de leite em pó, 50mL de melaço e 25g de carbonato de cálcio; Experimento II: 25g de probiótico Pro-W, 50g de farelo de arroz, 33,33g de açúcar cristal e 12,5g de bicarbonato de sódio. Experimento III: 25g de probiótico Pro-W, 25g de Farelo Bokashi, 50mL de melaço e 12,5g de bicarbonato de sódio. Foram utilizadas unidades experimentais com 25L de volume útil e os protocolos utilizados foram baseados na prática de fazendas do Brasil, Peru e Equador. Cada experimento contou com 6 tratamentos e 3 repetições cada. Os tratamentos foram realizados em água doce (0,31 ± 0,06 g/L-1) e em água marinha (25,06 ± 0,44 g/L-1). T1: Controle em água doce; T2: Controle em água marinha; T3: Controle negativo em água doce; T4: Controle negativo em água marinha; T5: Protocolo em água doce; T6: Protocolo em água marinha. Os três experimentos apresentaram crescimento de bactérias do morfotipo Bacillus, cocoides e filamentosas em todos os tratamentos. Não se observou efeito dos tratamentos no crescimento final de bactérias e protozoários. Estes resultados indicam que os protocolos utilizados não contribuem para o crescimento específico de bactérias do tipo Bacillus, similar aos do probiótico comercial.
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    Avaliação de técnicas de indução à desova do marisco branco Amarilladesma mactroides (Reeve, 1854)
    (2020) Gauthier, Nathália Byrro; Cavalli, Ronaldo Olivera
    O marisco branco é um bivalve marinho distribuído nas praias atlânticas do sul da América do Sul cuja população vem sendo impactada nas últimas décadas pela sobrepesca, por eventos de mortalidade maciça, fenômenos climáticos e pela ação antropogênica. Uma possível solução para este problema seria a produção de juvenis em cativeiro. Portanto, há a necessidade do estabelecimento de um protocolo de manutenção e maturação gonadal dos mariscos em cativeiro. Desse modo, esta dissertação avaliou métodos não-invasivos de indução à desova do marisco branco. Indivíduos com mais de 50 mm de comprimento foram coletados nas praias de Rio Grande e São José do Norte, RS, selecionados e medidos (comprimento, altura e peso). Uma série de experimentos de indução à desova com ou sem condicionamento em laboratório foi realizada. Nos experimentos com condicionamento (denominados experimentos I, II e III), os mariscos foram submetidos a indução à desova através apenas da manipulação de temperatura com tempo de exposição de 60 a 120 min. Nos experimentos sem condicionamento (IV, V e VI), os mariscos foram mantidos no laboratório por 45 min e posteriormente expostos à diferentes tratamentos (manipulação de temperatura e/ou associada adição de extrato de espermatozoides, salinidade 35, pH alcalino, adição de peróxido de hidrogênio) por períodos de 60 a 210 min. Havendo desova, a quantidade de ovócitos, zigotos e larvas foram estimadas. Em cada experimento, o estágio das gônadas, o tamanho dos ovócitos e a sobrevivência foram avaliadas. Os dados foram testados quanto as premissas necessárias para o uso da análise de variância e, quando não atendiam essas premissas, eram transformados. As análises foram efetuadas ao nível de significância de 0,05. Não houveram desovas nos experimentos com condicionamento. A histologia indicou que os mariscos desses experimentos não estavam maduros, mas os diâmetros dos ovócitos do experimento II aumentaram significativamente após o condicionamento. Nos experimentos sem condicionamento também foram detectadas diferenças significativas nas dimensões dos ovócitos. Os mariscos do experimento IV estavam mais maduros que os dos experimentos V e VI. Por outro lado, houveram desovas nos experimentos IV, V e VI e houve diferenças nas dimensões dos ovócitos, indicando que os mariscos do experimento IV se encontravam mais maduros que os do experimento V e VI. No entanto, apenas no experimento IV e V foram observadas a presença de larvas D. A sobrevivência dos reprodutores nos experimentos I, II, e III foram superiores a 70% e nos experimentos IV, V e VI foram superiores a 80%, exceto no experimento VI nos tratamentos envolvendo peróxido de hidrogênio. Esses resultados demostram que houve um aumento nos ovócitos dos mariscos dos experimentos II condicionados em laboratório, mas a duração não foi suficiente para total maturação dos gametas. Nos experimentos sem condicionamento, a desova pode ter ocorrido devido a presença de ovócitos e espermatozoides maduros livres no lúmen. Mais estudos são necessários para avaliar isoladamente os fatores que promoveram a indução e devido a maioria das desovas terem sido observadas após o overnight, é necessário avaliar também a influência do fotoperíodo.
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    Efeito da densidade de estocagem sobre o biofilme e o desempenho do camarão-rosa Farfantepenaeus paulensis cultivado em gaiolas nas fases de berçário e produção de iscas-vivas
    (2005) Preto, Artur de Lima; Cavalli, Ronaldo Olivera
    Foram realizados três experimentos com o objetivo de analisar a influência do biofilme e da densidade de estocagem na sobrevivência e no crescimento do camarão-rosa Farfantepenaeus paulensis nas fases de berçário e de crescimento visando a produção de iscas vivas em gaiolas. O primeiro experimento, com duração de 35 dias, analisou a influência de diferentes densidades de estocagem (100, 200, 300, 400 e 500 ind./m2 ) na sobrevivência e no crescimento de pós-larvas de F. paulensis (PL25) cultivadas em gaiolas, dentro das quais foram colocados substratos artificiais para o crescimento do biofilme, durante a fase de berçário. Os principais microrganismos presentes no biofilme que se formou nos substratos artificiais foram identificados e quantificados, assim como foi quantificada a concentração de clorofila a deste biofilme. O segundo experimento, no qual foi analisada a influência da adição de substratos artificiais na sobrevivência e no crescimento de pós-larvas de F. paulensis cultivadas em gaiolas na fase de berçário por um período de 35 dias, foi realizado simultaneamente ao primeiro, utilizando-se pós-larvas com as mesmas características do experimento anterior. Neste experimento também se identificou e quantificou os principais microrganismos presentes no biofilme, além de se medir a concentração de clorofila a deste. O terceiro experimento, com duração de 42 dias, analisou a influência de diferentes densidades de estocagem (50, 100 e 200 ind./m2 ) na sobrevivência, no crescimento e na conversão alimentar aparente de juvenis de F. paulensis (peso médio inicial de 1,04 g) cultivados em gaiolas para obtenção de iscas vivas. No experimento 1 observou-se uma relação negativa entre o aumento da densidade de estocagem de camarões e a sobrevivência/crescimento destes, sendo 400 ind./m2 a densidade de estocagem recomendada para o cultivo em gaiolas na fase de berçário. Observou-se também uma preferência dos camarões pelo consumo de diatomáceas cêntricas. No experimento 2 não foram encontradas diferenças significativas na sobrevivência e no crescimento dos camarões ao se adicionar substratos artificiais no cultivo. No experimento 3 também foi observada uma relação negativa entre o aumento da densidade de estocagem e a sobrevivência/crescimento dos camarões, além de se notar uma tendência de aumento da conversão alimentar dos camarões com o aumento da densidade. Entretanto, considera-se que os resultados obtidos em todas as ensidades testadas neste experimento foram satisfatórios, sendo possível utilizar uma estratégia de cultivo onde diferentes densidades são usadas para se obter iscas vivas em diferentes épocas, suprindo a demanda por um maior período de tempo. Sendo assim, a viabilidade técnica do cultivo de iscas vivas de F. paulensis em gaiolas foi demonstrada.
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    Eficiência antiparasitária e toxicidade do levamisol em juvenis de Mugil liza Valenciennes, 1836 submetidos a banhos terapêuticos
    (2015) Xavier, Jacqueline Cristina de Oliveira; Pereira Júnior, Joaber; Vianna, Rogério Tubino
    As tainhas (Mugil spp.) constituem um dos principais grupos de peixes marinhos com potencial de criação para a aquicultura no Brasil. As elevadas densidades a que os peixes são submetidos nas condições de confinamento aumentam as chances da ocorrência de parasitoses, que podem provocar prejuízos nas pisciculturas e/ou causarem zoonoses transmitidas pelo pescado. No Brasil são escassos os estudos relacionados à eficácia de fármacos antiparasitários para peixes e seus efeitos secundários, sendo por isso necessários estudos para avaliar a eficiência e os impactos destes medicamentos antes que eles possam ser usados em larga escala em pisciculturas comerciais. O objetivo deste trabalho foi avaliar a toxicidade aguda e a eficiência antiparasitária sobre ectoparasitos branquiais de diferentes concentrações de levamisol em banhos terapêuticos de 24 horas em juvenis de Mugil liza. Para o desenvolvimento deste estudo foram utilizadas tainhas com comprimento médio de 2,9 cm, coletadas na natureza em arroio que desemboca na Praia do Cassino (31º 11’ 55” S;52º 11’ 14” O), transportadas para o laboratório e aclimatadas em caixas plásticas de 80 litros com aeração constante. Para determinar o nível de toxicidade do levamisol e as concentrações utilizadas no experimento de eficiência antiparasitária foi feito um teste de CL50-24h. Os tratamentos foram realizados em triplicata conduzidos em delineamento inteiramente casualizado. Para o cálculo das CL50 foi utilizado o software “Trimmed Spearman Karber Method” que determinou como CL50-24h de levamisol para juvenis da tainha M. liza o valor de 61,63 mg/L. Os índices parasitológicos (Prevalência, Intensidade de Infestação e Abundância Média) das tainhas na natureza foram determinados através de um exame parasitológico realizado previamente em uma amostra contendo 30 peixes. Através das análises parasitológicas pôde-se concluir que, em juvenis de M. liza no litoral do Rio Grande do Sul são encontrados Ligophorus cf. uruguayense, Solostamenides sp. e Girodactilus sp. nas brânquias de juvenis de M. liza, que funcionam como sítio da infestação. Com base nos resultados do teste de CL50-24h do levamisol em M. liza, foram escolhidas 3 concentrações (0; 7,5; 15 e 22,5 mg/L) que garantissem que a sobrevivência dos peixes fosse superior à 50% em cada tratamento. Todos os tratamentos foram realizados com três repetições. Nas condições em que o experimento foi realizado, foi possível concluir que 15 mg/L de levamisol é indicado no controle de Gyrodactylus sp. para juvenis de M. liza. Para o controle de Solostamenides sp. não foi possível avaliar a eficácia do levamisol devido a prevalência nula encontrada no grupo controle para este parasito. Considerando a baixa eficiência das concentrações testadas nos banhos profiláticos de 24 horas no controle de L. 12 uruguayense, o uso deste método neste tempo de exposição não é recomendado no tratamento contra este Monogenoidea
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    Metazoários parasitas de juvenis do Peixe-rei Odontesthes bonariensis Cuvier e Valenciennes, 1835 em cultivo experimental
    (2007) Gonçalves, Tatiane Penteado; Pereira Júnior, Joaber; Sampaio, Luís André Nassr de
    O conhecimento de associações parasitárias, seus índices e forma de ocorrência em cultivo de peixes são fundamentais para a elaboração de estratégias de prevenção e controle. Um experimento com oitenta espécimes de Odontesthes bonariensis, foi estabelecido para caracterizar a transmissão e a diversidade de metazoários parasitos, sua forma de ocorrência e índices parasitológicos associados no cultivo experimental. Além disso, foram verificadas eventuais diferenças no peso dos peixes ao final do experimento. Os peixes foram divididos em quatro grupos que receberam diferentes dietas durante 60 dias: ração; ração+plâncton; camarão; camarão+plâncton. Ao final do experimento foram encontrados Digenea (Trematoda), Proteocephalidae (Cestoda), Nematoda e Isopoda (Crustacea). Há evidências de que os Proteocephalidae sejam transmitidos por componentes do plâncton, os Digenea e Nematoda pelo camarão Palaemonetes argentinus (Decapoda). A parasitose pelo Isopoda, identificado como Artystone trysibia (Cymothoidae), não está relacionada com a dieta do hospedeiro. A comparação do peso dos hospedeiros sugere que peixes que consomem plâncton alcançam um peso maior ao final do experimento, mesmo com a ocorrência da parasitose por Proteocephalidae. Diante do potencial patogênico de A. trysibia, neste estudo é apresentada uma revisão da biologia das espécies incluídas em Artystone bem como uma chave de identificação de suas espécies.
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    Caracterização do consócio de bactérias nitrificantes pelo método fish (Fluorescent in situ Hybrization) no biofilem e água de sistemas de cultivo do camarão-rosa Farfantepenaeus paulensis
    (2004) Oliveira, Simone Soares; Abreu, Paulo Cesar Oliveira Vergne de; Wasielesky Junior, Wilson Francisco Britto
    Uma das principais preocupações em sistemas de cultivo é o acúmulo de produtos nitrogenados, especialmente amônia (NH4). A troca de água de tanques, bem como a adição de fitoplâncton, são algumas das técnicas empregadas para se reduzir o nível de amônia nos sistemas de cultivo. Outra possibilidade seria a adição de bactérias nitrificantes como probióticos. Entretanto é necessário que esses microorganismos sejam obtidos da própria microbiota presente nos tanques para que não haja qualquer problema devido à adição de um organismo exótico. Devido a limitações técnicas, a identificação e isolamento de bactérias em ambientes de cultivo, como na natureza era sempre feita em pequena escala e em laboratórios especializados. Com o avanço de técnicas de biologia molecular é possível identificar grupos filogenéticos, determinar a variação espacial e temporal de espécies de microorganismos e elucidar função e atividade de comunidades coletadas do ambiente. Com o objetivo de estabelecer aspectos da sucessão bacteriana em tanques de cultivo através de técnicas de biologia molecular e relacionar a presença de bactérias nitrificantes no biofilme e na água foi utilizado neste estudo o método FISH (Fluorescent in situ hybridization). Este método é baseado na hibridização com marcadores fluorescentes de segmentos do rRNA 16S que demarcam grupos específicos de bactérias. Foram utilizadas as sondas -, - e - proteobactérias, que contempla a maioria das bactérias nitrificantes. Os experimentos foram conduzidos na Estação Marinha de Aqüicultura – EMA/FURG, no período de novembro de 2002 a fevereiro de 2003, nas fases de larvicultura e berçário do camarão– rosa Farfantepenaeus paulensis. Foi adicionado aos tanques substrato artificial para formação de biofilme, que eram coletados diariamente para análise da composição da assembléia de bactérias e clorofila a. Amostras de água eram coletadas para análise de amônia, nitrito e nitrato, além de dados de abundância de bactérias. No experimento na larvicultura foi observada a maior concentração de amônia na água, que atingiu 413,98 µM no tempo 2, diminuindo para 73,92µM no tempo seguinte. Os grupos - e - proteobactérias estiveram mais relacionados com a variação da amônia nos tanques e, através do balanço de massa de nitrogênio na larvicultura, foi possível verificar que a maior absorção de nitrogênio dos tanques ocorreu devido a nitrificação (22,3%). No segundo experimento (berçário) foi possível avaliar o impacto da predação do camarão sobre o biofilme, observando-se um efeito positivo sobre as microalgas quanto sobre as 2 bactérias do biofilme, isto é, a maior abundância de bactérias foi obtida em substratos sujeitos à predação do camarão, assim como a maior concentração de clorofila a. A concentração de compostos nitrogenados influenciou a composição da assembléia de bactérias no biofilme e na água, principalmente com a predominância de bactérias dos grupos - e -proteobactérias, relacionadas com a variação da amônia, enquanto que bactérias do grupo -proteobactéria estiveram relacionadas com a variação de nitrito.