O PPGEC, institucionalizado em junho de 2019, tem sua história inicialmente atrelada ao Programa de Pós-graduação em Educação em Ciências: química da vida e saúde, em Associação Ampla com a UFRGS, UFSM, FURG e Unipampa desde 2008. Da experiência exitosa dessa associação, o PPGEC titulou 154 Mestres e 126 Doutores em Educação em Ciências.